Η κατασκευή ενός πολυσύνθετου Έργου, απαιτεί σημαντικό βαθμό οργάνωσης και συντονισμού, καθώς πολλά επιμέρους έργα πρέπει να εκτελούναι είτε ταυτόχρονα είτε σε σειρά. Οι στόχοι της οργάνωσης της φάσης κατασκευής ειναι:

• Η ελαχιστοποίηση του χρόνου κατασκευής.
• Η εξασφάλιση της περιβαλλοντικής προστασίας.
• Η ορθή υλοποίηση των τεχνικών έργων και των περιβαλλοντικών μέτρων
• Η βελτιστοποίηση της κατασκευής ώστε να ελαχιστοποιηθούν οι νεκροί χρόνοι μεταξύ των επιμέρους τεχνικών έργων
• Η εξασφάλιση της λειτουργικότητας όσων δραστηριοτήτων στο νησί έχουν ολοκληρωθεί ή είναι υφιστάμενες, ακόμα και κατά τη φάση κατασκευής (π.χ. αγροτικές δραστηριότητες, προσωρινή διαμονή, φύλαξη κ.λπ.).

Η κατασκευή του έργου θα γίνει σε τρείς φάσεις για την ελαχιστοποίηση των περιβαλλοντικών πιέσεων προς το φυσικό περιβάλλον της περιοχής. Οι φάσεις Α, Β και Γ ανταποκρίνονται στην ομαδοποίηση των επιμέρους κατασκευαστικών στοιχείων του έργου.
Το Έργο δύναται να περατωθεί και να παραδοθεί στον επενδυτή, σύμφωνα με τον Προγραμματισμό τον Αύγουστο του 2023.